На всех кафедрах факультета открыта аспирантура, в которой в настоящее время обучается около 40 человек. В ИвГУ функционирует диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора экономических наук по специальностям «Экономика, и управление народным хозяйством» и «Политическая экономия» (председатель – д.э.н., профессор Егоров В.Н., ученый секретарь – к.э.н., доц. Николаева. Е.Е.). Около 40 выпускников факультета стали докторами и кандидатами наук.
Последние годы на факультете можно определить как слаженный аккорд, завершающий ряд серьезных научных исследований. Защитили докторские диссертации Н.А. Амосова, Е.А. Бибикова, О.А. Гришанова, В.Н. Еремин, Р.С. Ибрагимова, С.В. Клюзина, В.И. Куликов, А.С. Лившиц. Успешно были защищены кандидатские диссертации С.В. Езерской, О.В. Котиной, И.В. Курниковой, Д.А. Маринцевым, С.А. Плетюхиной, Т.Н. Ситниковой, С.В. Даниловой, А.В. Шишкиным.
Научная работа на факультете развивается в двух направлениях. Это выполнение хоздоговорных и госбюджетных работ: «Совершенствование методологии и методики финансового анализа деятельности предприятия», «Проблемы создания документальной базы и документооборота для ведения налогового учета» (руководитель В.Н. Егоров), а также работ, выполняемых по грантам: «Разработка и внедрение теоретических и методологических положений совершенствования организационно-экономического механизма формирования корпораций в условиях рынка» (руководитель С.М. Голяков), «Стратегическое управление в условиях нестабильности внешней среды» (руководитель В.И. Куликов).
Активное участие в работе принимают студенты. О результатах своих исследований они докладывают на ежегодном фестивале «Молодая наука в классическом университете». По итогам 2006 года организация научной студенческой работы на кафедре финансов и банковского дела признана одной из лучших в ИвГУ.
Студенты факультета регулярно участвуют в работе конференций других вузов России. Дипломом за лучшую научную работу на XII Международной студенческой школе-семинаре, проводимой ежегодно в г. Судаке, награжден Антон Бреславский (2008 г.). На протяжении ряда лет наши студенты являются активными участниками Международной научной конференции «Молодежь и экономика», проводимой Ярославским военным финансово-экономическим университетом. Дипломами за лучшее выступление награждены А. Бурсиков, Р. Гайн, Е.Жинкина, А. Калабашкина, Е. Лилина, С. Пронятова, Ю. Уткина, Е. Чичкова, О. Щеглова. Студенты В. Скулин и Е. Хмиль получили диплом I степени за участие во Всероссийской олимпиаде по менеджменту, проводимой на базе Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого.
В 2003, 2004 гг. экономический факультет участвовал во Всероссийском конкурсе научно-технических и инновационных работ по гуманитарным наукам, где по экономическим наукам было представлено более 100 работ со всей страны и 40 человек были признаны лауреатами. Отрадно отметить, что среди них 9 студентов нашего факультета удостоены дипломов лауреатов, а высшую награду – грант на дальнейшее развитие своей работы получили студенты Александр и Андрей Шишкины.
Ежегодно на факультете проходят научно-практические конференции. В 2004 году состоялись две международные конференции – в рамках десятилетнего юбилея кафедры финансов и банковского дела «экономика современной России: теоретические и методологические подходы к решению актуальных проблем развития» и двадцатилетия кафедры информационных технологий в экономике и организации производства «Современные проблемы информационных технологий и пути их решения».
В 2002 году экономический факультет стал одним из организаторов Международного научного симпозиума «Научное наследие Н.Д. Кондратьева в контексте развития российской и мировой социально-экономической мысли». На заседаниях симпозиума выступали известные экономисты страны Л.Л. Абалкин, Ю.В. Яковец, Р.Т. Яновский. Важным является то, что лауреатами памятной медали Н.Д. Кондратьева за лучшую студенческую научную работу, посвященную 110-летию со дня рождения, стали студенты нашего факультета Ию Алов, П. Белов, А. Лодышкин, А Шувалов.
Вкус к научно-исследовательской работе прививается в студенческие и аспирантские годы. К примеру, А. Лодышкин, А. Шувалов, П. Белов, начавшие заниматься наукой в студенческие годы, в настоящее время продолжают обучение в аспирантуре. Тематика их исследований – проблемы малых городов. Они были награждены дипломами, медалями, а в 2006 году удостоены сертификата на получение гранта Ивановского государственного университета «развитие научно-исследовательской и инновационной деятельности молодыми преподавателями и студентами». Аналогичный грант среди студентов ИвГУ получил А. Бреславский за реализацию проекта «Обучающие системы на основе биллинговой системы.